Почки в выраженной стадии болезни характеризуются малым размером (масса от 40 до 80 г). Биопсия почки и посмертные исследования указывают на преимущественное поражение канальцев и интерстиция. Многие канальцы атрофированы, ярко выражен интерстициальныи фиброз. В интерстищш встречается минимальная инфильтрация лимфоидными клетками. БМ канальцев сильно утолщены, гиалинизированы. В кровеносных сосудах — фиброз интимы, периваскулярный фиброз. Гломерулярные изменения невелики. В некоторых клубочках наблюдаются утолщение боуменовой капсулы, перигломерулярный фиброз. Встречаются также клубочки с сильно утолщенной БМ и суженным просветом, фиброзированные, гиалинизированные. В последние годы при эндемической нефропатии обнаружено отложение электронноплотных депозитов в БМ клубочков [Georgescu L. et al.( 1977], вирусоподобных частиц в эпителии канальцев [Apostolov К. et al., 1975].
В финальной стадии болезни гиалинизированная стромаиногда дает положительную реакцию на амилоид при окраске с тиофлавином Т, флюоресценцию в гломерулах, интерстиции и БМ канальцев fCracium С, Rosulescu G., 1970].

Цв. Димитров и Ц. Юрукова (1977) при электронно-микроскопическом исследовании биоптатов почечной ткани клиничеcки здоровых детей из семей с эндемической нефропатией обнаружили сегментарные повреждения капиллярных петель клубочков, дистрофию эпителия, преимущественно в проксимальных канальцах. БМ пораженных канальцев неравномерноутолщена, расслоена. Эти улътраструктурные изменения идентичны с таковыми при клинически выраженной форме эндемической нефропатии. У этих же детей преднизолоновым тестомпровоцирована эритроцитурия. Полученные данные, по мнению авторов, свидетельствуют о наличии длительного латентного периода болезни.